O segundo mandato fora conseguido em grande parte graças à pressão dos militares (especialmente do exército), contra a vontade do setor civil e de parcelas dos militares. Deodoro da Fonseca, em 3 de novembro de 1891, com a aprovação da lei que permitia o impeachment do Presidente, dissolveu o Congresso.
Em 23 de Novembro de 1891, ocorre o episódio da Revolta da Esquadra, quando o Almirante Custódio de Melo, a bordo do encouraçado Riachuelo, ameaça bombardear o Rio de Janeiro, forçando a renúncia do Presidente, que entrega o poder ao vice-presidente, Floriano Peixoto.
O governo de Deodoro da Fonseca, com o fechamento do congresso, a decretação do estado de sítio e a política financeira do ministro Rui Barbosa, ruiu.
Isolado, doente, Manuel Deodoro da Fonseca morre no Rio de Janeiro, em agosto de 1892, pediu para ser enterrado em trajes civis, no que não foi atendido, seu enterro teve toda a pompa e honras militares.
Precedido por: Império do Brasil Presidente do Brasil 1889 — 1891 Sucedido por: Floriano Peixoto
- Presidente Marechal Manuel Deodoro da Fonseca 1891
- Vice-Presidente Marechal Floriano Vieira Peixoto 1891
- Ministro da Justiça Henrique Pereira de Lucena, Barão de Lucena 1891
- Antônio Luís Afonso de Carvalho 1891
- Ministro da Marinha Contra-Almirante Fortunato Foster Vidal 1891
- Ministro da Guerra General Antônio Nicolau Falcão da Frota 1891
- Ministro das Relações Exteriores Justo Leite Chermont 1891
- Ministro da Fazenda Tristão de Alencar Araripe 1891
- Henrique Pereira de Lucena, Barão de Lucena 1891
- Ministro do Interior Tristão de Alencar Araripe 1891
- Ministro da Agricultura
- Comércio e Obras Públicas Henrique Pereira de Lucena, Barão de Lucena 1891 João Barbalho Uchoa Cavalcanti 1891